Στο Αγκίστρι υπάρχουν δύο ασφαλή λιμάνια, στα οποία μπορείτε να δέσετε το σκάφος σας. Το ένα βρίσκεται στη Σκάλα και το άλλο στο Μύλο (Μεγαλοχώρι).